公式サイトやパッケージに記載がございますように、マークシート読取君４のスキャンツールがご利用いただけるスキャナはTWAINという汎用ドライバに対応している必要がございます。

つきましてはまずはご利用のスキャナがTWAINに対応しているかご確認ください。
もしTWAINに対応しているようでしたらスキャナのドライバーがインストールされているかご確認いただき、マークシートスキャン以外のスキャンツールでスキャンが正しく行えるかご確認ください。

もしくはスキャナ付属のスキャンツールで300dpi以上カラーorグレースケールのJPEG形式で保存出来るようでしたら、そちらでスキャンした画像はマークシート読取君４でご利用頂けます。