可能です。

③マークシート設定ツールを起動していただき、メニューの「ファイル > スキャン画像を開く」でまずはスキャン画像を読み込み、基準点設定のダイアログはキャンセルしてから、次に同じくメニューの「ファイル > マーク情報ファイルをインポート」で修正したいマークシート設定ファイルを開いてください。
スキャン画像の上にマークシート設定が表示されます。

【マーク情報の再編集方法】
■ 設定されている基準点やマーク読取箇所はドラッグ＆ドロップ(マウス左クリック)で移動させることが可能です。
■ 各問の最後のマークをSHIFTを押しながら左クリックでそのマークを消去できます。
■ 各問の最後のマークをCONTROLを押しながら左クリックでマークを追加できます。
■ SHIFTを押しながら矢印キーを押すと全マークを一斉に平行移動できます。
■ DおよびFキーで基準点サイズを増減できます。
■ A、S、W、Zキーで、マークサイズを増減できます。