当ソフトの動画変換エンジンではMJPGからMP4への変換には対応しておりませんが、MJPGから他の形式への変換は可能です。
そのため、お手数をお掛けしてしまいますが、一度H.264高画質またはWMV高画質に変換していただき、それをMP4に変換していただくことによりMJPGからMP4への変換が行えます。