YouTube画質を標準(FLV)に設定するとダウンロードできる場合がございます。
詳細な原因はわかっておりませんが、一部の動画では高画質版が存在しないにもかかわらず、高画質版が存在するかのように扱われている(拡張子がmp4となっている)動画が存在するようです。

その場合にはYouTube画質を標準(FLV)にすることによって正常にダウンロードできますので、お試しいただければと思います。